Laktoferyna jest ogólnie bardzo dobrze tolerowana jako suplement diety. W przypadku długotrwałego przyjmowania dużych dawek mogą wystąpić pojedyncze objawy, takie jak biegunka, zaparcia lub zmęczenie. Nie są również znane żadne przeciwwskazania ani negatywne interakcje. W razie wątpliwości najlepiej jest omówić stosowanie laktoferyny z lekarzem – szczególnie w przypadku znanej alergii na białka mleka.